En la primera semana de septiembre arribó a Veracruz el virrey Francisco Xavier Venegas, quien de inmediato recibió información acerca de una conspiración contra el gobierno real Español en México. El intendente de Guanajuato, Riaño, ordenó al comandante de la plaza investigar sobre aquellos rumores, y el 11 de septiembre se realizó una redada en Querétaro cuyo fin fue capturar a los responsables. Se logró arrestar a Epigmenio González y se giró orden de aprehensión en contra de Allende, que escapó a una población del Bajío.

En las primeras horas del 16 de septiembre, Allende arribó a la casa cural de Dolores, donde Hidalgo se hallaba pernoctando. Tras despertarlo y charlar un poco acompañados de chocolate, ambos militares decidieron lanzarse a la lucha armada antes de que los españoles destruyeran sus planes. Alrededor de las cinco de la mañana Hidalgo convocó a misa y dio el Grito de Dolores, con lo que empezó formalmente la Guerra de Independencia de México.

Con poco más de seis mil soldados Hidalgo, acompañado de Allende, Aldama y Abasolo inició la lucha. En pocos días entró, sin ninguna resistencia en Celaya y Salamanca, donde fue proclamado como capitán general de los ejércitos sublevados. En Atotonilco, entró al santuario local y tomó el estandarte de la virgen de Guadalupe, símbolo de su movimiento.

Hidalgo y Allende, los dos principales jefes de la insurrección armada, acrecentaron sus diferencias a raíz de la derrota en el Puente de Calderón. Incluso, Allende confesó haber estructurado un plan para envenenar al "bribón del cura", como llamaba a Hidalgo. Tras acordarlo con Aldama, Abasolo y Rayón, se acordó despojar a Hidalgo del mando militar en la Hacienda de Pabellón, Aguascalientes, el 25 de febrero, cuando los insurgentes se disponían a huir a Estados Unidos de América, para comprar armamento y seguir la lucha.

El día de su fusilamiento pidió que no le vendaran los ojos ni le dispararan por la espalda (como era la usanza al fusilar a los traidores). Pidió que le dispararan a su mano derecha, que puso sobre el corazón. Hubo necesidad de dos descargas de fusilería y el tiro de gracia para acabar con su vida, tras lo cual un comandante tarahumara, de apellido Salcedo, le cortó la cabeza de un solo tajo con un machete, para recibir una bonificación de veinte pesos. Miguel Hidalgo murió el 30 de julio de 1811 fusilado por las fuerzas realistas.